Rafter*innen, Kajak- und Wildwasserfahrer*innen, Canyoning­sportler*innen (mehr noch im Gebirge) sowie Angler*innen nutzen Bäche und kleine bis mittlere Flüsse. Größere Flüsse werden zum Ruder-, Motor- und Modellbootfahren sowie zum Wasserskifahren und Schwimmen genutzt. Im Uferbereich nehmen Campen, Wandern und Reiten, aber auch Spaziergänger*innen mit Hunden Einfluss auf Bäche und Flüsse.

Bachregion

Bäche unterliegen einem geringeren Freizeitdruck als Flüsse oder Seen. Kleinere Bäche werden von Angler*innen genutzt; in seltenen Fällen sind steilere Bäche auch für den Canyoning-Sport geeignet. Größere Bäche können mit Wildwasserkajaks und Rafting-Booten befahren werden.

Flussregion

Flüsse eignen sich zum Kanu- und Kajakfahren, Rudern, Raften, Motorboot- und Wasserskifahren, Sporttauchen und Baden. Da aufgrund der Wasserführung und der wirtschaftlichen Nutzung (als Schifffahrtsstrassen) nicht alle Flussabschnitte gleichermaßen für Natursportarten geeignet sind, gibt es Flüsse, die stärker von Erholungssuchenden genutzt werden als andere (z.B. Altmühl, Lahn).

Störungen im Uferbereich kommen durch Badegäste, Angler, Jäger, Bootfahrer, Reiter, Wanderer, Spaziergänger, Erholungssuchende mit Hund, und Camper hinzu. Da diese Freizeitnutzungen sich auf „schöne“ und damit meist naturnahe Uferbereiche konzentrieren, kann es zu deutlichen Beeinträchtigungen der Vegetation und der dort beheimateten Tierwelt kommen (siehe Uferbiotope).
Nachteilige Folgen für die  Fischfauna und die Ökosysteme kann eine fischereiliche Bewirtschaftung von Bächen und Flüssen haben, vor allem wenn nichtheimische Fischarten eingesetzt werden. Unerwünschte Folgen von hier ausgeübten Sportarten können außerdem zerstörte Ufervegetation an Ein- und Ausstiegsstellen und die Beunruhigung verschiedener Tierarten sein.

Betroffene Tierarten

Amphibien; Fische; Flusskrebse; Makrozoobenthos; Reptilien; Säugetiere; Vögel, Libellen

Fließgewässernetze sind nicht nur selbst Lebensraum zahlreicher Tier- und Pflanzenarten, sondern auch natürliche Biotopverbundsysteme. Sie prägen großräumig weite Landschaftsbereiche. Nimmt man die Uferstreifen mit hinzu, kann man Fließgewässer als wichtige Wanderungs- und Ausbreitungskorridore betrachten, die zahlreiche Strukturen miteinander vernetzen.
Mit diesem Hintergrundwissen wird die Dringlichkeit des Fließgewässerschutzes deutlich erkennbar. Die Anstrengungen, Bäche und Flüsse mit ihren möglichst breiten Ufern wieder in einen naturnahen Zustand zu versetzen, dienen nicht nur dem Schutz der Gewässer selbst, sondern der Aufwertung aller damit verbundenen Landschaftsräume.
Im Oberlauf der Fließgewässer findet man häufig noch natürliche oder naturnahe Abschnitte. Je weiter man jedoch stromabwärts gelangt, desto heftiger und zahlreicher werden die menschlichen Eingriffe und Einleitungen in die Bäche und Flüsse. Natürliche Flüsse, so genannte Wildflüsse, sind in Mitteleuropa nicht mehr zu finden. Abschnittsweise kann man die ungeheure Dynamik von Flusslandschaften noch am Lech (Österreich) oder am Tagliamento (Italien) beobachten. Dort gestaltet sich mit jedem Hochwasserereignis die komplette Auenlandschaft um, wodurch eine ungeheure Artenvielfalt entstehen kann.

Lebensraumstrukturen in Fließgewässern

Die Lebensraumstrukturen, die in einem Fließgewässer besiedelt werden, kann man wie folgt unterscheiden:

• freier Wasserkörper
• Gewässerbett (Benthal)
• das wasserdurchströmte Lückensystem des Bachuntergrundes (Hyporheal).

Die Tiere, die hauptsächlich das Gewässerbett besiedeln, bezeichnet man als Zoobenthos. Bewohner des freien Wasserkörpers sind die Fische. Der Feuersalamander nutzt als einzige Amphibienart tiefere Bereiche von Bergbächen mit langsamer Strömung (Auskolkungen) als Laichgewässer. Andere Amphibienarten sind eher in Stillgewässern zu finden. Das einzige Reptil, das klimatisch begünstigte Fließgewässer aufsucht, ist z.B. die, in der Nahe beheimatete, Würfelnatter. Flusskrebse finden sich in verschiedenen Fließgewässerabschnitten.

Fließgewässerabschnitte und typische Fischvertreter

Die Abschnitte von Bächen und Flüssen werden auch nach den typisch darin vorkommenden Leitfischarten benannt und unterteilt:

• Die „Obere Forellenregion“ befindet sich in der Regel am Oberlauf eines Bergbachs. Es herrscht eine sehr starke Strömung, dadurch wird das Wasser über Kies und größere Steine umgewälzt und mit Sauerstoff angereichert. An Steinen und Felsen können sich Wasserverwirbelungen bilden, die Kolke, Gumpen und Wasserfälle bilden. Die „Untere Forellenregion“ liegt weiter bachabwärts.
• Die anschließende „Äschenregion“ ist die typische Fischregion des Tieflandbaches. Hier existiert immer noch eine starke Strömung und hoher Sauerstoffgehalt, aber es gibt mehr Pflanzen als in der Forellenregion. Der Untergrund besteht aus Geröll und grob- bis feinkörnigem Kies. In strömungsberuhigten Abschnitten sammeln sich örtlich Feinsedimente wie Sand und Schluff an.
• Bergland- oder Mittelgebirgsflüsse heißen auch „Barbenregion“. Der Grund besteht aus grobkörnigem Sand und feinkörnigem Kies, die Fließgewässer werden breiter und die Strömung ist nur noch schwach. Der Sauerstoffgehalt schwankt und ist geringer als in der Äschenregion.
• Die „Brachsenregion“ ist die artenreichste Fischregion und liegt am Unterlauf eines Flusses. Der Pflanzenbewuchs ist sehr üppig und der Untergrund besteht aus feinem Sand, teilweise lagert sich Schlamm ab. Der Sauerstoffgehalt ist demzufolge sehr niedrig.

Im Folgenden sind die abiotischen Details zu den drei großen Lebensraumabschnitten von Fließgewässern aufgeführt.

Quellregion (Krenal)

Quellen kann man nach Art ihres Wasseraustritts in drei verschiedene Formen unterscheiden. Bei den Sturzquellen (Rheokrenen) dringt das Wasser aus Gesteinsspalten heraus und stürzt sofort abwärts. Bei den Tümpelquellen (Limnokrenen) füllt sich vom Untergrund her ein Quellbecken, das überläuft und in den Quellbach übergeht. Sickerquellen (Helokrenen) bilden Quellsümpfe, bei denen das Wasser an verschiedenen Stellen aus dem Erdreich dringt. Oft ist dabei nicht genau festzustellen, woher das Wasser eigentlich kommt. Quellwasser ist im allgemeinen sauerstoff- und nährstoffarm. Es hat ganzjährig eine fast konstante Temperatur, wodurch es im Winter eisfrei bleibt. Die obersten, kurzen Abschnitte eines Baches, die sich durch diese Eigenschaften charakterisieren lassen, zählt man zur Quellregion.

Bachregion (Rhitrhal)

Gebirgsbäche haben im Gegensatz zu Tieflandbächen meist ein stärkeres Gefälle und einen geraden Verlauf. Das Wasser fließt schnell, ist kühl, klar und reich an Sauerstoff. Weiter bachabwärts reichert sich das Wasser durch die Strömung und Verwirbelung mit Sauerstoff an. Die Temperaturen werden im Tagesverlauf und im Jahresverlauf variabler und langsam werden Nährstoffe ins Wasser eingetragen. Münden im Verlauf eines Baches immer mehr Seitenbäche, verändert sich seine Charakteristik erneut.
Tieflandbäche haben ein schwächeres Gefälle, ihr Verlauf ist gewunden oder mäandrierend. Das Bachbett besteht aus Steinen, Kies, Sand und Schlamm und sortiert sich oft zu mosaikartigen Teppichen. 
Im natürlichen Zustand kann sich das Bachbett in einigen Abschnitten immer wieder umlagern. Prall- und Gleithänge verschieben sich, Mäander verlagern sich und alte Flussschleifen werden abgetrennt. Die Strömung ist durch einen Wechsel zwischen schnell strömenden, turbulenten Abschnitten und langsamer fließenden, tieferen Abschnitten („Schnellen“ und „Stillen“) charakterisiert. Die Ufer können sehr vielgestaltig sein. Von flachen sumpfigen Ufern zu steilen Lehmabbrüchen sind abhängig von Geologie, Gefälle und Boden alle Ausprägungen möglich. 
Die Wassertemperatur kann aufgrund der kleinräumig wechselnden Strömungsverhältnisse variabler sein als in Gebirgsbächen.

Flussregion (Potamal)

Der Übergang von der Bach- zur Flussregion ist fließend und nicht ganz eindeutig zu bestimmen. Man kann verschiedene Parameter heranziehen, die Hinweise auf eine Einstufung als Fluss geben: Ein Fluss ist breit (> 5 m), hat eine hohe, durchschnittliche Wasserführung (> 5 m3/s) mit tiefem Wasser (> 150 cm). Die Wassertemperatur schwankt sehr stark zwischen Sommer und Winter (Jahresamplitude > 20°C). Als Maß für die Breite eines Flusses kann man auch die Beschattung durch Bäume (Beschattungsreichweite) heranziehen. Ist das Ufer mit Bäumen bewachsen, die das Gewässer auf ganzer Breite beschatten, kann man es eher noch als Bach bezeichnen, reicht der Baumschatten nicht über das gesamte Gewässer, handelt es sich eher um einen Fluss. Mit zunehmender Annäherung an ihre Mündung ins Meer werden Flüsse auch als Ströme bezeichnet.
Die Wassermenge eines Flusses unterliegt jahreszeitlich sehr starken Schwankungen zwischen Niedrig- und Hochwasser. Je nach Grösse des Einzugsgebietes und der Abflussdynamik des Wassers schwankt sie um ein Vielfaches. Bei minimalen Wasserständen ist nur ein Teil des Flussbettes und der Aue mit Wasser gefüllt, bei Spitzenhochwasser kann die komplette Aue unter Wasser stehen. Bei natürlichen oder naturnahen Flussabschnitten beeinflusst diese Dynamik die Ufer und die angrenzenden Biotope, wie Weich- und Hartholzauenwälder und das Auenfeuchtgrünland. Diese Lebensräume werden auch als Überschwemmungsgebiete bezeichnet. Durch die Wasserschwankungen entstehen kurzlebige Lebensraumstrukturen wie Schlamm-, Sand- und Kiesbänke, austrocknende Tümpel, Staudenfluren und Pioniergebüsche.

Gebirgsflüsse (oder Mittelgebirgsflüsse = Epipotamal) haben eine schnellfließende Strömung und einen kiesig-sandigen Gewässergrund. Schlamm und Schluff lagern sich in Stillwasserbereichen ab. Das Wasser ist klar bis trüb und hat einen mittleren Nährstoffgehalt.
Flachlandflüsse (oder Tieflandflüsse = Metapotamal) besitzen eine langsame Strömung und einen sandig-schlammigen Gewässergrund. Das Wasser ist meist trüb und sehr nährstoffreich. Im natürlichen Zustand bilden diese Flussabschnitte zahlreiche Flussarme und -schlingen (Mäander).